A economia portuguesa apresenta sinais diversificados e convergentes de esgotamento estrutural de um longo período de crescimento baseado no investimento (CBI). O artigo consagra uma primeira parte à sistematização desses sinais, justificando em que medida podem ser considerados indicadores de esgotamento estrutural desse modelo, do qual o co-financiamento estrutural tem constituído factor de prolongamento. Paralelamente, sustenta a necessidade do modelo de crescimento português evoluir segundo uma outra via de longo prazo que se designa por modelo de “crescimento impulsionado pela inovação” (CIIN). Numa segunda parte, identificam-se os obstáculos de natureza institucional a essa transição, tendo em conta a significativa dependência de percurso (path-dependency) que o modelo impulsionado pelo reforço da capacidade produtiva e infraestrutural tendeu a co-determinar. As contradições e divergência estrutural do sistema nacional de inovação (SNI) assumem nesse contexto institucional um particular relevo, embora o mesmo possa ser alargado a outros sistemas de políticas públicas. Numa terceira parte, o artigo concentra-se em duas outras características paradoxais do SNI: as extensões regionais e o desencontro entre a capacidade do sistema de ensino para oferecer trabalhadores qualificados e a disponibilidade da estrutura produtiva para os absorver. Finalmente, o artigo discute algumas implicações em matéria de políticas públicas de formação de capital humano e de inovação e defende que estas sejam, centradas na empresa para que possam integrar o papel da difusão e da transferência de tecnologia numa economia afastada da fronteira europeia nesse domínio e estruturalmente divergente face a países da EU em regime de recuperação (catching-up) acelerada e para que viabilizem novas lógicas de construção de trajectórias de acumulação de conhecimento.